Structure génétique à grande échelle d'une herbe endémique d'Amazonie

Julien Boulard

Rare et
les plantes étroitement réparties sont particulièrement sensibles aux pertes et
fragmentation de leurs habitats naturels. Cela peut finalement entraîner une réduction
la diversité génétique et une capacité affaiblie de s'adapter à un environnement en évolution. Conserver
espèces endémiques menacées est essentielle pour maintenir leur évolution
potentiel et minimiser leur risque d'extinction. De nouvelles technologies génomiques (telles que
comme séquençage RAD) se sont révélés être un outil prometteur qui peut aider
informer la future gestion de la conservation, en mettant en évidence les stratégies qui peuvent fonctionner
mieux pour des espèces et / ou des populations particulières.

Brasilianthus carajensis (A) buisson et (B) fleur. Crédit d'image: Pedro L. Viana.

Dans une étude récente publiée dans AoBP, Silva et al. évalué la santé génétique d'une plante étroitement répartie (Brasilianthus carajensis) des savanes amazoniennes. Grâce aux technologies de séquençage de nouvelle génération, ils ont pu jeter un coup d’œil détaillé sur une partie représentative du génome de la plante, évaluer la diversité génétique, la composition génétique et les adaptations aux conditions environnementales locales. Les résultats de cette étude fournissent des indications claires sur la façon d'éviter la perte de variation génétique unique dans cette plante unique. L'étude a identifié trois grappes génétiques adaptatives neutres et six, qui pourraient être considérées respectivement comme des unités de gestion et des unités adaptatives. La création récente du parc national de Campos Ferruginosos semble protéger une partie de chacune des unités de gestion identifiées dans cette étude et il ne semble donc pas y avoir de menace immédiate pour celles-ci. D'un autre côté, toutes les unités adaptatives ne sont pas actuellement protégées et certaines se trouvent à proximité d'opérations minières à grande échelle. À ce titre, les auteurs suggèrent que les échantillons de chaque unité adaptative pourraient être déplacés ou conservés dans une banque de semences. Les auteurs concluent en déclarant que leur étude illustre comment des méthodes de regroupement génétique sans hypothèse et des tests d'association environnementale peuvent être utilisés pour éclairer les décisions de gestion afin de prévenir la perte d'une variation génétique unique et de maximiser la résilience des espèces aux changements environnementaux futurs. Cette approche est particulièrement utile pour éclairer la gestion des espèces rares et menacées pour lesquelles il est difficile, voire impossible, d'évaluer les adaptations locales à l'aide d'expériences traditionnelles dans les jardins communs.

Cet article a été publié dans le cadre d'un numéro spécial de AoBP intitulé L'écologie et la génétique de la différenciation des populations dans les plantes.

Point culminant du chercheur

Le Dr Rodolfo Jaffé a grandi à Caracas, au Venezuela, et en 2005, il a déménagé en Allemagne pour effectuer un doctorat en écologie moléculaire des abeilles à l'Université Martin Luther, Halle. Il a ensuite effectué un premier stage postdoctoral à l'Université de Western Australia, Australie et un deuxième à l'Université de São Paulo, Brésil. Il est actuellement chercheur principal au Vale Institute of Technology, au Brésil, où il utilise des approches interdisciplinaires, comprenant la génomique, les analyses spatiales et la biostatistique, pour comprendre comment la dégradation humaine des habitats naturels influence la biodiversité et les services écosystémiques.

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