Utiliser les analyses génétiques pour comprendre la structure de la population et l'affectation des genettes d'une herbe clonale du sol forestier «Botany One

Julien Boulard

Les plantes clonales produisent une progéniture génétiquement identique par croissance végétative. Lorsqu'on se réfère à une progéniture clonale, un «ramet» fait référence à un seul individu physiologique produit par propagation clonale tandis qu'un «genet» fait référence à un groupe de ramets qui proviennent d'une seule graine. Certaines espèces de plantes clonales produisent de nouvelles ramettes à l'extrémité des rhizomes souterrains, ce qui pose des problèmes pour déterminer les distributions des ramets individuels et pour les affecter aux genets. Non seulement ce processus nécessite-t-il l'excavation d'organes végétaux souterrains, il peut être incroyablement difficile dans des situations où les rhizomes allongés des ramets de plusieurs genets sont entremêlés. Le génotypage offre une solution à ce problème, en utilisant des marqueurs génétiques pour attribuer des ramets aux génets correspondants.

Cardamine leucantha dans le site d'étude, Rikubetsu, Hokkaido, Japon. Crédit d'image: Tsujimoto et al.

Dans une étude récente publiée dans AoBP, Tsujimoto et al. étudié comment les ramets appartenant à différents genets étaient distribués dans une population naturelle de Carrdamine leucantha à Hokkaido, au Japon. Cette espèce se caractérise par des rhizomes stolonifères exceptionnellement longs, atteignant jusqu'à 1,2 m de long. Les rhizomes entre les ramets mère et fille se déconnectent en 1 à 2 ans, ce qui signifie qu'un seul genet peut rapidement se développer en un groupe de ramets déconnectés très répandus. À l'aide de marqueurs SNP à l'échelle du génome, les auteurs ont identifié 61 genets dans la population, bien qu'il y ait une inégalité en termes de taille de ces genets et de leur distribution. On pense que ces variations sont probablement dues à l'âge de la genette. Les auteurs ont conclu que RAD-seq peut fournir des données qui permettent une affectation robuste des genettes pour des espèces telles que C. leucantha. Ils espèrent que les travaux futurs dans ce domaine aideront à comprendre exactement comment les gros génets deviennent dominants.

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